À l'issue du combat final de "Avengers", certaines armes de technologie extra-terrestre ont été abandonnées dans les rues. Le S.H.I.E.L.D les a toutes récupérées... mais une manque à l'appel : un puissant équipement chitauri baptisé "Article 47" ! Pour Benny et Claire, la journée s'annonce plutôt bonne. Ils ont découvert malgré eux l'arme manquante et s'apprêtent à s'en servir pour braquer une banque. Ce qu'ils ignorent en revanche, c'est que des agents du S.H.I.E.L.D. sont déjà sur leurs traces et qu'ils ne leur reste guère plus qu'une poignée de minutes avant qu'ils n'aient à payer pour leurs crimes...

Après les évènements qui impliquent la disparition de Steve Rogers/Captain America, l'Agent Peggy Carter se retrouve enrôlée dans les prémices du S.H.I.E.L.D et s'octroie la mission de retrouver le "Zodiac" malgré les ordres de son chef sexiste qui ne lui donne que des tâches administratives.

Après les événements survenus dans "Iron Man 3", Trevor Slattery est devenu l’incarnation du mal. Le Mandarin est donc enfermé dans une prison haute sécurité. Heureusement, sa réputation le précède, ce qui lui apporte célébrité et protection à l'intérieur même de la prison. Voyant son heure de gloire enfin venue, Trevor accepte la proposition d’un réalisateur de documentaires de réendosser son profil de faux méchant…