Nick Fury est l'ancien directeur du S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention, Enforcement, and Logistics Division), maintenant à la retraite dans le Yukon, depuis la fin de la Guerre froide. On lui propose de reprendre du service afin de mettre hors d'état de nuire les agents de l'organisation terroriste HYDRA, dirigée par les enfants du baron Wolfgang von Strucker, l'ancien nazi que Fury a jadis combattu. HYDRA a synthétisé un agent pathogène, le « virus de la Tête de mort », et menace de le répandre dans Manhattan à partir de missiles cachés dans un camion-poubelle, à moins que ne lui soit versé un milliard de dollars. Les enfants du baron von Strucker veulent édifier un quatrième Reich.
Kung Wei est l'un des meilleurs agents du gouvernement chinois. Sa femme et son fils ignorent tout de ses activités. Envoyé en mission à Hong Kong pour infiltrer le syndicat du crime, il réussit au-delà de ses espérances en gagnant la confiance du patron des triades qui l'associe à ses actions criminelles. Wei parvient à échapper à la police qui le recherche mais les choses se compliquent lorsque la puissante triade, ayant appris sa véritable identité, prend son fils en otage...
Le capitaine Matt Hendricks et le Dr Linda Christian sont enfermés dans un sous-marin avec des terroristes russes qui menacent de lancer un virus chimique sur le territoire américain.
A uniformed police officer is recruited by the DEA to infiltrate a drug smuggling ring looking to expand its operation.
Matt Helm, ancien agent du contre-espionnage américain, s'est reconverti comme photographe de mode. Pour combattre un chinois près à déclencher la troisième guerre mondiale, il est recontacté par Tina, une de ses anciennes collègues, qui lui demande de reprendre du service.