Au cours de la 10ème année de la première guerre contre les Cylons, le jeune pilote de Viper Bill Adama, alors âgé d'une vingtaine d'années, est assigné au dernier vaisseau de la flotte, le Galactica. Tête brûlé, il est chargé d'une mission secrète particulièrement dangereuse qui pourrait, si elle réussit, changer le cours de l'histoire...

Le film se concentre sur l'histoire du Battlestar Pegasus, il se passe juste après la promotion de Lee Adama en tant que commandant du Battlestar Pegasus (saison 2, épisode 17, "Une main de fer"), de fréquents flashbacks montrent les événements vus du Pegasus entre l'attaque des Cylons et le présent, deux flashbacks montrent des événements de la première guerre contre les Cylons (un sur l'amiral Helena Cain, fuyant l'attaque des Cylons sur Tauron alors que sa petite sœur était tuée par les machines, un autre sur la découverte d'un centre de recherche Cylon visant à fabriquer un hybride cylon/humain).

Nous sommes en 2157. L'âge d'or de la civilisation humaine. Les pilotes du Free Search Group sillonnent l'espace à la recherche d'un vaisseau spatial russe piloté par Maxim Kamerrer, 22 ans, qui s'est écrasé sur Saraksh, une lointaine planète habitée. Après de longues années d'une guerre nucléaire, une crise environnementale règne sur la planète et la société en place doit faire face à de graves problèmes sociaux et à une paix fragile. Le vaillant cosmonaute va découvrir une mystérieuse terre régie par les Pères Inconnus, cinq gouverneurs anonymes manipulant la conscience des habitants par le biais d'émetteurs spéciaux. Ici, Maxim fera la connaissance de nouveaux amis, aura des ennemis, trouvera l'amour et, après avoir traversé de nombreuses épreuves, il prendra finalement la tête d'un mouvement rebelle visant à défier les cinq avides gouverneurs...