Air Force One, l'avion présidentiel américain, s'écrase en plein milieu du fameux Triangle des Bermudes. L'armée américaine envoie une équipe des forces spéciales pour le secourir. Mais leur mission de sauvetage se transforme en affrontement avec une créature monstrueuse...

Scooby-Doo et tous ses amis embarquent à bord d'un bateau pour une croisière dans le Triangle des Bermudes. Rapidement, l'expédition prend une tournure catastrophique. En effet, la bande de Scooby-Doo se retrouve confrontée à toutes sortes de créatures terrifiantes. Scooby-Doo doit faire preuve d'un courage à toute épreuve pour affronter spectres, extraterrestres et pirates fantômes. Ces derniers sont sans conteste les plus redoutables, puisqu'ils coulent les navires croisant dans les eaux du Triangle des Bermudes à coup de boulets de canons...