Avocat dans l'un des plus grands cabinets juridiques de New York, Michael Clayton arrange discrètement et par tous les moyens les affaires embarrassantes de ses clients. On lui confie le dossier douteux d'une puissante firme agrochimique. Lorsqu'il découvre que cette multinationale sans scrupules est prête à faire des millions de victimes pour s'enrichir, il ne peut plus échapper au choix qui s'impose à lui : étouffer la vérité ou la faire éclater, au péril de sa vie...

Clayton a gagné un petit pécule en faisant le guide. Il vient s'installer dans un petit ranch avec sa soeur, mais celle-ci est violée et tuée par deux bandits a la solde de Malek, gros propriétaire terrien.