Les deux jumeaux Zack et Cody sont un jour approchés par un scientifique qui leur propose de participer au "Projet Gemo": une série d’expériences dédiées aux liens qui unissent les jumeaux. Mais à l'issue du projet, les deux frères se rendent compte qu'ils partagent désormais les mêmes pensées, les mêmes sentiments et les mêmes sensations.

Un scientifique découvre que ses employeurs ont choisi d'utiliser son invention, un robot initialement mis au point dans un but humanitaire, à des fins militaires. Se sentant trahi, il vole un exemplaire qui se casse lors de sa fuite ratée. Le robot est alors récupéré par un petit garçon.

Cette nouvelle aventure du jeune Cody Banks nous entraîne à Londres sur les traces d'un agent de la CIA - le propre instructeur de Cody Banks - qui vient de dérober au gouvernement américain un mécanisme ultra secret destiné à contrôler les esprits. La sécurité du monde est en jeu. Cody va devoir s'infiltrer dans un pensionnat très chic où l'on apprend la musique afin de récupérer au plus vite ce mécanisme. Il va devoir cacher son identité réelle aux autres pensionnaires en se faisant passer pour un joueur de clarinette. Dans cette mission, la CIA lui adjoint Derek, un agent qui essaie désespérément de rentrer dans les bonnes grâces de l'Agence. Celui-ci est censé être le cuisinier de l'école, mais le problème est qu'il ne sait absolument pas faire la cuisine. Alors que tout se complique, le duo va trouver une aide inattendue en la personne d'une jeune étudiante britannique nommée Emily.

Pour tout le monde, Cody Banks est un adolescent comme les autres : il aime le skate, le rock et perd tous ses moyens devant les filles. Personne ne se doute que Cody a passé son été dans un centre d'entraînement pour adolescents supervisé par la CIA. Il vit alors le rêve de tout jeune de son âge : être un agent secret. Le jugeant mûr pour une première mission, l'Agence charge Cody d'espionner le docteur Connors, inventeur de robots microscopiques assez puissants pour entraîner la destruction du monde.