Les jeunes Zana, Inès, Alex, François, Pierre… viennent d’intégrer l’Ecole des Espions, vont faire connaissance avec leurs enseignants pour apprendre la stratégie et la pratique de l’espionnage, l’histoire du renseignement international, le maniement des armes, la maîtrise des technologies modernes, etc.
1957. La Guerre froide fait rage et les États-Unis et l'URSS sont sur un pied d'alerte, se scrutant minutieusement. Après une longue filature, des agents du gouvernement américain arrêtent à Brooklyn Rudolf Abel qui est soupçonné d'être un espion russe. Tout le monde l'accuse avant qu'il ne soit jugé et l'avocat James B. Donovan est vilipendé pendant le procès pour avoir pris sa défense. La peine de mort est exigée et elle n'est qu'une formalité. De quoi irriter son avocat qui est prêt à tout afin de négocier un accord pour lui sauver la vie.
L'espionne Marissa Cortez Wilson a accompli sa dernière mission le jour de son accouchement puisqu'elle ne voulait pas mettre en péril sa nouvelle famille. Mais, lorsque le terrible Maître du temps refait surface et menace d'éliminer tout le temps du monde, elle n'a d'autres choix que de reprendre le boulot, même si ses proches ignorent son passé d'agent secret. Les enfants de son nouveau mari, Rebecca et Cecil, sont impliqués contre leur gré dans cette dangereuse quête et tenteront, grâce à des gadgets sophistiqués de l'ancienne division Spy Kids, d'attraper le méchant et de sauver la planète d'une fin imminente.
Le plus célèbre des Spy kids, Juni Cortez, a démissionné. S'estimant trahi par l'agence, il refuse désormais de travailler pour l'OSS.Pourtant, lorsque le garçon apprend que sa soeur, Carmen, est en danger, il n'hésite pas. Pour avoir tenté de percer le diabolique secret d'un jeu vidéo qui capture l'esprit de ceux qui perdent, la jeune fille en est restée prisonnière. Ce jeu-événement, le bien nommé Game Over, sera mis en vente dans quelques heures... Derrière cette arme aussi sournoise que redoutable se cache Le Toymaster, un créateur génial qui s'apprête à prendre le contrôle du cerveau de tous les jeunes de la planète. Pour Juni, il n'y a pas une seconde à perdre. Afin de sauver sa soeur et l'avenir du monde, il doit gagner la partie, et il ne peut le faire que de l'intérieur...
Depuis le spectaculaire sauvetage de leurs parents, Carmen et Juni sont les jeunes espions les plus réputés du métier. Equipés de gadgets révolutionnaires, ils interviennent partout aussi discrètement qu'efficacement. Cette fois pourtant, ils vont se frotter à une mission d'une tout autre ampleur.Quelque part sur une île inconnue située au milieu de l'océan, se cache un système capable de neutraliser tous les équipements électroniques de la planète. Qui a créé cette machine diabolique ? Qui la contrôle ? Et pourquoi l'île est-elle peuplée de créatures étranges et fantastiques ?Carmen et Juni devront résoudre toutes ces énigmes avant qu'il ne soit trop tard. Rien ne sera simple, d'autant que deux autres espions en herbe sont dans la course pour les doubler...
Gregorio et Ingrid excellent dans leur métier, celui d'agent secret. Maîtres du déguisement au génie inventif, ils empêchent des guerres d'éclater grâce à leurs talents d'espion. Officiant pour deux nations ennemies, ils reçoivent un jour la mission d'éliminer leur ennemi le plus redoutable, à savoir l'un et l'autre. Mais lorsque leur regard se croise dans un lieu exotique éloigné de toute civilisation, ils tombent amoureux l'un de l'autre et décident de fonder une famille.Neuf ans plus tard, après avoir pris leur retraite pour se consacrer pleinement à l'éducation de leurs enfants, Carmen et Juni, Gregorio et Ingrid Cortez sont rappelés une fois de plus en service. Pour des raisons inexpliquées, les meilleurs agents secrets de la planète, anciens collègues de travail du couple, disparaissent les uns après les autres. Cette situation ne peut être l'oeuvre que de deux esprits malveillants : celui de Fegan Floop, star d'une émission télévisée pour enfants, et de son complice Minion.
Dans les années 1950, en pleine Guerre froide, la patrouille aérienne du colonel Jim Shannon, basée en Alaska, capture un avion de la chasse soviétique, piloté par une séduisante jeune femme, le lieutenant Anna Marladovna. Celle-ci demande l'asile politique mais, menacée d'être emprisonnée, elle est épousée par Shannon qui s'est épris d'elle. Or, Anna est en réalité une espionne nommée Olga Orlief...
Dans les bureaux du consul de Novoni, un inconnu parvient à s'emparer de documents de la plus haute importance. On soupçonne une organisation secrète d'Europe centrale d'être à l'origine du vol. Donald Tremaine, l'« agent 326 », est chargé par le commissaire Burton Jason de démasquer les espions. Malheureusement, Jason ignore que ses propres services sont infiltrés par l'organisation. Haghi, le banquier qui la dirige, est rapidement mis au courant de la mission de Tremaine et envoie Sonia Barranikowa pour l'éliminer. Mais la jeune femme s'éprend de sa cible et décide d'aider l'« agent 326 » à anéantir Haghi et son organisation criminelle…