Le long et tortueux périple des frères Elric s'achève dans ce dénouement épique, où ils doivent combattre une menace qui se veut divine et pourrait détruire leur nation.

Lorsqu'un personnage mystérieux commence à cibler les alchimistes d'État pour leurs péchés contre Dieu, l'alchimiste Edward Elric et son frère Alphonse sont les plus vulnérables, tandis que les homoncules recommencent à se dévoiler.

Alors que l'alchimiste Edward Elric cherche un moyen de reconstituer le corps de son frère Al, le gouvernement militaire et de mystérieux monstres le surveillent de près.