Après la rébellion de Char, Hathaway Noa mène une insurrection contre la Fédération Terrienne, mais un officier ennemi et une femme mystérieuse changent son destin.

Universal Century 0087 : presque 8 ans se sont écoulés depuis la fin de la Guerre d'Un An, un conflit entre la Fédération et le Duché de Zéon qui tua près de la moitié de la population humaine. Suite au dramatique incident de la flotte Delaz en 0083, le gouvernement terrien crée les Titans, chargés de traquer les derniers partisans de Zéon et de faire respecter l'autorité de la Fédération dans les colonies. Corrompue par son pouvoir, cette organisation élitiste réprime les tentatives de rebellions des spacenoïds par des méthodes extrémistes et meurtrières : en 0085, le gazage d'une colonie spatiale fait des millions de victimes, amenant la création de mouvements de résistance contre la Fédération, tels que l'AEUG (Anti-Earth Union Group). Kamille Bidan se retrouve pris en plein milieu du conflit entre les deux factions lorsque l'AEUG s'infiltre dans sa colonie pour voler les prototypes du RX-178 Gundam Mark II, un mobile suit créé par son propre père et testé par les Titans.