L'agent du FBI Max Reed assiste au meurtre d'un chercheur de la mystérieuse société Chronos. Un étudiant trouve un appareil extraterrestre ayant appartenu au scientifique, et fusionne avec, devenant un homme en armure. Le propriétaire de l'appareil envoie ses hommes, les Zoanoids, le récupérer coûte que coûte.

Sean Barker est le possesseur d'une étrange armure extraterrestre, le Guyver, qu'il utilise pour rendre la justice. Il apprend un jour que des archéologues ont mis au jour des vestiges montrant des symboles identiques à ceux du Guyver. Pour en savoir plus, Sean se rend sur place. Il fait la connaissance de Cori Edwards, la fille du professeur Marcus Edwards, responsable des fouilles. En visitant le site, Sean entend un homme crier et se retrouve face à un Zoanoid, créature hostile d'un autre monde, qui réussit à prendre la fuite. Poursuivant ses investigations, il va découvrir beaucoup de choses au sujet de son armure et de ceux qui la convoitent...