Avant d'être un protecteur, Kenshin faisait trembler sous le nom de Battosai, un assassin. Mais à la rencontre de la douce Tomoe Yukishiro, son destin change peu à peu.

Kenshin's past catches up to him causing the destruction of Akabeko Restaurant, which was Kenshin's favorite place to eat. There, he finds a note with the word "Junchu" on it.

Après une courte accalmie, le valeureux Kenshin Himura (Sato Takeru) reprend du service, et fait face à Makoto Shishio (Fujiwara Tatzuya) qui tente de renverser le gouvernement Meiji. Le sort du pays se trouvant alors entre ses mains, Himura Kenshin reprend l’épée qu’il s’était pourtant juré de ne jamais plus utiliser…

À l’aube d’une ère nouvelle, le légendaire tueur Battosai décide de se retirer. Dix ans plus tard, un homme doté d’une incroyable dextérité fait son apparition. Ce combattant hors pair qui se fait appeler Kenshin rôde tel un vagabond sur les routes du Japon. Armé d’un sabre dont la lame ne peut pas tuer, il tente de protéger un idéal dans une nation plongée dans le chaos...