Le parcours d'un chanteur chancelant 'Fanney Khan' qui aspire à donner à sa fille un grand nom dans le monde de la musique.

Redoutable chef de guerre, Gengis Khan avait pour habitude d'enlever tous les enfants dont ses conquêtes militaires avaient fait des orphelins. Élevés à ses côtés, ceux-ci devenaient ses plus fidèles soldats. 10 de ces guerriers d'exception sont envoyés en mission aux confins du royaume. Ils découvrent un enfant abandonné et décident d'en prendre soin. Le bébé appartient à un seigneur ennemi : entre les guerriers de Gengis Khan et les troupes ennemis, la guerre est désormais déclarée...

Rizwan Khan est un petit garçon musulman qui grandit à Borivali, dans la banlieue de Mumbai (Inde), entouré de l'affection de sa mère. Celle-ci, malgré son comportement déroutant, lui inculque les valeurs de tolérance, d'amour et de justice. Adulte, Rizwan rejoint son frère émigré aux États Unis où sa belle-sœur lui diagnostique un syndrome d'Asperger, forme atténuée d'autisme. Alors qu'il travaille pour l'entreprise familiale, Rizwan fait la connaissance et tombe amoureux de Mandira, Indienne et hindoue. Malgré la différence de religion, ils se marient et vivent heureux avec le fils que Mandira a eu d'un précédent mariage. Mais après le 11 septembre les choses changent, la famille est en bute à l'ostracisme anti-musulman et, accablée de douleur, Mandira rejette son mari qu'elle rend responsable du drame qui les frappe. Pour reconquérir la femme qu'il aime, Rizwan entreprend un long périple afin de faire savoir à tous que "Son nom est Khan et qu'il n'est pas un terroriste".

De son enfance à sa vie d’adulte, l’histoire (romancée) de Temüjin qui deviendra le premier empereur mongol sous le nom de Genghis Khan. Très jeune, il est réduit en esclavage par le chef de tribu Djamuqa. Devenu adulte et libre, Temüjin n’aspirera qu’à se venger de son ancien ravisseur...

L'amiral Kirk et son "Enterprise" servent désormais de vaisseau d'entraînement pour les élèves pilotes. Envoyé avec M. Spok en mission de routine, il croise la route de son vieil ennemi Khan.