In 1980s Hollywood, struggling martial arts actor Johnny Cage searches for his missing co-star amidst a Los Angeles filled with bloodthirsty fighters.

Le combattant en arts martiaux mixtes Cole Young, habitué à recevoir des raclées en échange d’argent, ignore tout de son héritage, autant qu’il ignore pourquoi Shang, l’empereur de l’Outre Monde, a envoyé son meilleur guerrier, le cryomancien Sub-Zero, pour le traquer. Craignant pour la sécurité de sa famille, Cole part à la recherche de Sonya Blade et se retrouve bientôt au temple de Lord Raiden. C’est là que Cole s’entraîne auprès des plus grands champions de la Terre à affronter les ennemis issus de l’Outre Monde dans une bataille aux enjeux élevés pour la défense de l’univers.

À peine revenus sur la Terre, victorieux du Mortal Kombat, les guerriers humains reunis par Rayden, le dieu du tonnerre et des eclairs, déchantent : le ciel se déchire et de sombres créatures en descendent. À leur tête, l'empereur d'Outremonde, Shao-Kahn lui-même.

Lord Rayden fait équipe avec un guerrier, un maître en arts martiaux et une belle détective pour remporter le tournoi Mortal Kombat. S'ils échouent, ce sera la fin de l'Humanité.