Fred Wilson dirige une expédition destinée à trouver de nouveaux gisements de pétrole sur une île inconnue. Jack Prescott, jeune savant qui veut percer les mystères de l'île du Crane et Dwan, une cover-girl recueillie en mer, se joignent à la petite troupe.
Encore traumatisé par la mort de Kong, Carl Denham décide de quitter définitivement New York. Il s'embarque pour une nouvelle expédition vers l'île de Kong, afin de terminer le travail qu'il n'avait pu achever lors de son précédent voyage. Une mutinerie éclate bientôt à bord du navire....
Figurante sans travail, la blonde Ann Darrow est engagée par le réalisateur Carl Denham pour être la vedette de son prochain film. Le Venture, le navire commandé par le capitaine Englehorn et qui comprend toute l'équipe, atteint Skull Island, une île mystérieuse où vivrait une créature légendaire vénérée par les indigènes et appelée King Kong.Durant le voyage, Ann tombe amoureuse de John Driscoll, le second du bateau. Une fois débarqués, les explorateurs sont aussitôt repérés par les indigènes et font marche arrière. Mais ces derniers enlèvent Ann, la "femme aux cheveux d'or", et l'attachent pour l'offrir en sacrifice à King Kong.Au moment où ses compagnons arrivent pour la délivrer, un singe gigantesque saisit la jeune fille et disparaît dans la forêt. Denham et ses hommes se lancent alors à la poursuite de King Kong.
New York 1976. King Kong gît au pied du World Trade Center. Il n'est pas mort et une équipe de médecins et chercheurs de l'Institut d'Atlanta le recueille et rétablit ses fonctions biologiques. Seulement Kong donne des signes de faiblesse et l'implantation d'un coeur artificiel s'impose. C'est alors qu'un aventurier, Hank Mitchell, découvre, dans la jungle de Bornéo, un gigantesque gorille femelle, Lady Kong qu'il revend à l'Institut.
Alors qu'ils sont en vacances en Thaïlande pour fêter le succès de leur précédente affaire, les chasseurs de criminels doivent retourner de toute urgence à Hong Kong pour protéger un parrain de la drogue. Le détective Muscles qui donnait auparavant du fil à retordre au parrain doit maintenant le protéger.
Godzilla est libéré accidentellement d'un iceberg par un sous-marin nucléaire et se dirige vers Tokyo. Une expédition découvre l'île de Faro où vit une tribu indigène vénérant le dieu Kong. Après de nombreuses péripéties, l'expédition ramène King Kong au Japon mais il réussit à s'échapper. Il se met à détruire Tokyo. Les militaires construisent un barrage de pylônes électriques à haute tension mais il résiste, car il absorbe l'électricité. Il est donc invulnérable. De son côté, Godzilla reste indestructible mais montre une vulnérabilité à l'électricité.