Dans un monde parallèle, au village de Bégamini, une tribu opprimée fait des incantations au ciel afin qu'un sauveur vienne les libérer du joug de Zotan, le tyran cannibale. A Paris, dans le monde normal... Rémy Bassano est un petit restaurateur d'œuvres d'art timide, discret et sans histoires. Il est marié à Lucile avec qui il a deux enfants. Un jour, Rémy retrouve son atelier inondé, il perd alors son travail et sa femme Lucile lui annonce brutalement qu'elle le quitte pour un autre. Il court chercher du réconfort chez ses parents et alors qu'il est en train de servir le café à ses nombreux frères et sœurs, il est aspiré dans le sol, traverse le temps et se retrouve à Bégamini. Là, dans leur étrange village, les Bégaminiens l'accueillent comme le libérateur qu'ils espèrent depuis toujours. A partir de ce moment là, Rémy se trouve embarqué dans une aventure haletante...

Lyra, 12 ans, est une orpheline rebelle qui vit à Jordan College, un établissement de l'Université d'Oxford, dans un monde parallèle qui ressemble au nôtre mais qui a évolué de façon un peu différente. Elle a pour compagnon Pantalaimon, son dæmon, un être capable de prendre de nombreuses formes animales. Le monde de Lyra est en train de changer. L'organisme gouvernemental global, le Magisterium, resserre son emprise sur le peuple. Ses sombres activités l'ont poussé à faire enlever des enfants par les mystérieux Enfourneurs. Parmi les gitans, qui ont perdu beaucoup des leurs, court une rumeur : les enfants sont emmenés dans une station expérimentale quelque part dans le Nord, et on pratique sur eux d'abominables expériences... Lorsque Roger, le meilleur ami de Lyra, disparaît à son tour, la petite fille jure d'aller le chercher, jusqu'au bout du monde s'il le faut.

Alors qu'il tourne Blueberry, l'expérience secrète, Jan Kounen rencontre les guérisseurs Shipibo d'Amazonie péruvienne et découvre leur plante sacrée: l'Ayahuasca, la liane des esprits. Extrêmement marqué par cette expérience, il décide de revenir au Pérou afin de tourner un documentaire sur la plante et les rites médicinaux des chamans. Pour cela il filme les autochtones mais va aussi rencontrer des neurologues, philosophes, artistes, chimistes travaillant sur ce sujet. Il interroge notamment Jean Giraud, le dessinateur de Blueberry, ou Kary Mullis, prix Nobel de chimie 1993. Plus qu'un documentaire traditionnel, le film se veut une invitation au voyage, une porte entrouverte sur un autre monde ou une autre perception du réel.

Après avoir enquêté sur le crash de plusieurs météorites, le docteur Forrester est persuadé que le phénomène n'est pas naturel. Sa théorie se confirme lorsque des extraterrestres envahissent la Terre et plongent la population dans le chaos. Pour empêcher l'invasion, le gouvernement prépare une attaque nucléaire…