Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIe siècle ou, grâce a un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.

Pour obtenir l'exclusivité mondiale du puissant insecticide mis au point par le professeur Strobel, un magnat de la chimie enlève la fille du scientifique, avec la complicité de mercenaires ninjas. Joe, un Américain ceinture noire, flanqué d'un jeune ninja de 12 ans, part affronter le terrible gang...

Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l'origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l'utilise pour muter et décupler ses forces...

Jackson est de retour, et il a maintenant un nouveau partenaire, champion de karaté Sean, car ils doivent faire face à un terroriste mortelle connue sous le nom «Le Cobra», qui a infecté Sean avec un virus. Sean et Jackson ont pas le choix, mais pour lutter contre le Cobra et ses bandes de ninjas.

Le soldat Joe Armstrong et le sergent Curtis Jackson débarquent sur l'île de Saint Thomas, dans les Caraïbes. Ils ont pour mission Top Secrète d'enquêter sur plusieurs disparitions mystérieuses de soldats américains... Très rapidement, Joe Armstrong et Curtis Jackson découvrent l'existence d'une base secrète où les militaires disparus sont reconditionnés pour devenir de redoutables guerriers Ninjas. Spécialement entrainés ils sèment la mort partout sur leur passage !