Une série de braquages ​​de banques et de vols de voitures ont effrayé les communautés du nord-ouest du Pacifique. Un seul agent du FBI estime que ces crimes n'étaient pas l'œuvre de criminels motivés par l'argent, mais plutôt d'un groupe de dangereux terroristes nationaux.

Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim.

Blake Redding, fils du gouverneur du Texas, aurait été tué après avoir échoué son examen sur le "Thinning". Mais Blake est de retour. Il doit trouver le moyen de s'échapper du camp de travail dans lequel il a été placé afin de retrouver l'amour de sa vie.

L’histoire prend place en 2015, à l’heure où la magie tient encore une grande place au coeur de la société. Afin de sauvegarder l’humanité, l’organisation Caldea observe attentivement les mouvements magiques, scientifiques ainsi que l’avenir du monde. Mais un jour, le futur semble soudain disparaître après l’année 2017. Afin d’en découvrir les causes, l’organisation décide d’envoyer en mission symbolique dans le passé des enquêteurs, les « Grand Order ».

A troubled high school student discovers the truth behind his hidden abilities.