Adolescent rêveur, Jake peine à se remettre du décès de son grand-père. Sur les conseils de sa psychologue qui lui prescrit d’apprendre à séparer la fantaisie de la réalité, il part avec son père pour une île au large de la Grande-Bretagne. Dans les ruines de l’orphelinat où son grand-père a grandi, il découvre un monde parallèle qui le propulse en 1943. Il y rencontre Miss Peregrine et les enfants particuliers qui détiennent des pouvoirs magiques pour lesquels ils sont persécutés. En leur compagnie, Jake apprend à défendre et à accepter sa différence.