Après que son équipe l'eût extrait d'une prison russe où il croupissait pour des raisons personnelles, Ethan Hunt part à la chasse d'un terroriste nihiliste qui prévoit déclencher une guerre nucléaire afin de purifier la terre de ses mauvais éléments et forcer l'instauration d'une paix durable. En cours de route, Hunt et son équipe sont cependant mêlées à un attentat sur le Kremlin qui forcera les autorités américaines à dissoudre l'agence pour laquelle ils travaillent. Afin de blanchir le nom de leur organisation, sauvegarder leur honneur et sauver la planète, l'équipe de Mission : Impossible sera contrainte d'agir en toute indépendance et dans le plus grand secret pour contrecarrer les plans du maléfique Hendricks.

Raoul Kraft vit seul dans son exploitation forestière. Un matin, il apprend la mort de son fils de 18 ans dans un accident de voiture. Un drame banal, conclut la gendarmerie. Mais une jeune femme, Diane, arrive de Paris, pour lui révéler des informations troublantes. Cet accident n'en est peut-être pas un. Elle parle de laboratoires pharmaceutiques, de médicaments expérimentaux. Son fils participait à un protocole médical. Il testait un nouveau médicament, les effets secondaires pourraient être à l'origine de sa mort. Kraft a du mal à y croire, mais décide de monter à Paris pour en savoir plus. La suite des événements semble donner raison à la jeune altermondialiste. Poursuites, agressions physiques, coups de feu, ils doivent prendre la fuite... sans pour autant abandonner leur enquête. Avec l'aide de Diane, Kraft va quitter le monde simple qui est le sien pour celui du "Nouveau protocole". Un monde où la vérité n'est jamais là où on l'attend.