Dans l'obscurité du Bodega Bay Inn, l'avide Dr Jennings commence à dérober les poupées diaboliques pour découvrir le secret de leur vie. Espérant devenir rapidement riche, ses plans sont de vendre ce secret comme un instrument de guerre. Sutec, le pharaon noir d'une autre dimension, envoie ses propres poupées pour essayer de tuer le maitre des poupées Rick Myers, et de voler la magie. Rick va devoir lutter sur les deux fronts pour préserver son secret...

Un jeune scientifique, Rick Myers, travaille sur l'intelligence artificielle. Mais il est la cible d'un petit groupe d'étranges créatures bien déterminées à le tuer, mettant ainsi fin à ses recherches. Mais le scientifique découvre des laboratoires qu'il utilise, un coffre contenant les Puppet Master.Celles-ci vont lui prêter main forte pour se débarrasser des créatures...

Les nazis découvrent le secret de Toulon : le moyen de donner la vie à des objets inanimés. Ce dernier, pris de folie, tue sa femme. Après cela, il va préparer sa vengeance avec ses poupées...les Puppet Masters.