Le père de Lara Croft a disparu depuis sept ans. La jeune femme, maintenant âgée de 21 ans, navigue dans les rues chaotiques d'East London en tant que courrier à vélo. Bien qu'elle n'ait même pas suffisamment d'argent en poches pour payer ses cours de boxe, elle refuse de prendre les rênes de l'empire mondial de son père parce qu'elle n'accepte pas l'idée qu'il l'ait quittée pour de bon. Voulant résoudre le mystère derrière la disparition de son géniteur, elle laisse tout en plan afin de rejoindre sa dernière destination connue, une île mythique qui se situe quelque part au large des côtes du Japon.

Aux abords du Kilimandjaro, le « Berceau de la Vie » abrite le plus mystérieux et le plus terrifiant des fléaux : la Boîte de Pandore, dont les germes pourraient en quelques heures anéantir l'Humanité. Au moment où Lara Croft, l'archéologue de charme, s'apprête à prendre possession de l'orbe contenant les coordonnées de ce trésor, un commando chinois fait irruption dans le temple sous-marin et s'en empare. Sauvée de la mort par ses fidèles assistants Bryce et Hillary, l'aventurière regagne son manoir, où elle reçoit bientôt la visite de deux émissaires du MI 6. Elle apprend ainsi que le commanditaire des tueurs et de leur chef Chen Lo n'est autre que le Dr. Jonathan Reiss, un mégalomane cynique, soupçonné de fournir des armes biologiques high-tech aux plus offrants...

Lara Croft a hérité de son père archéologue de nombreux trésors parmi lesquels une mystérieuse horloge magique. Des années plus tôt, celui-ci lui dévoila l'existence d'une organisation secrète, les Illuminati, qui s'était lancée à la recherche d'une horloge dont la clé ouvrait les portes du Temps et de l'Espace. Celle-ci est un triangle sacré qui assura, 5 000 ans auparavant, la victoire des premiers Illuminati sur leurs ennemis. Si le triangle venait à être recomposé, ces lointains ancêtres reviendraient à la vie et le sort de l'Humanité en serait bouleversé à jamais. Le puissance de ce triangle atteindra son summum lorsque trois planètes s'aligneront dans le ciel en une éclipse totale qui survient une fois tous les 5 000 ans. L'aventurière ne dispose que de 48 heures pour résoudre l'énigme du triangle magique et ainsi sauver le monde.