La Samouraï Amakusa Shiro est mort pendant la guerre de Shimabara. Cependant celui-ci réapparaît mystérieusement dans la partie pacifique d'Edo. Le samouraï a en effet appris la formule magique de résurrection. Mais Amakusa Shiro n'est pas revenu seul d'outre-tombe puisqu'il a ramené à la vie les plus grands samouraïs décédés afin de créer une armée...

Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l’histoire tragique d’un jeune ronin, Motome, venu récemment avec la même requête...

D'après la vie d'une figure historique de l'ère d'Ayothaya, Yamada Nagasama, un aventurier japonais qui se fit un nom à la cour du roi de Siam au XVIIe siècle. Lorsque Yamada découvre que ses semblables Japonais sont à l'origine d'attaques meurtrières contre la population locale, celui-ci se sent trahi et il est laissé pour mort. Sauvé par des adeptes du Muay thaï qui le ramènent et l'accueillent dans leur village, il va apprendre cet art ancestral pour se hisser parmi les meilleurs guerriers...

Dans le Japon médiéval, Ichi est une jeune orpheline, aveugle de naissance, qui gagne sa vie en jouant de la musique de village en village. Mais derrière ses airs fragiles se cache un tempérament guerrier. La jeune fille possède notamment un talent exceptionnel dans l’art de manier le sabre, arme qu’elle dissimule dans son bâton de marche.

En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au coeur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.

A l'époque du déclin des samouraïs, à l'aube de l'ère Meiji. Seibei Iguchi est un samouraï de basse caste. Devenu veuf, il doit s'occuper seul de ses deux fillettes, de sa mère malade, après de lourdes heures de travail comme gestionnaire d'entrepôt. Comme il rentre toujours tôt, ses amis et voisins le surnomment "Seibei le Crépuscule". Ils lui conseillent de se remarier, mais comme il est pauvre, il devra se contenter de n'importe quelle femme.C'est alors que réapparait la belle Tomoe, son amour de jeunesse, qui a divorcé d'un mari brutal. Un soir qu'ils sont ensemble, l'ex-mari, en état d'ivresse, les surprend, et provoque Seibei en duel : ce dernier arrive néanmoins à le vaincre avec une simple épée de bois, en usant de techniques enseignées par un vieux maître.La rumeur de sa victoire se répand, et son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle très dangereux...

Dans l’État du New‐Jersey, un tueur à gage noir vit selon les préceptes du Hagakure, code d’honneur des samouraïs du Japon médiéval. Il vit seul, très simplement, en nourrissant ses pigeons, se faisant appeler « Ghost Dog ». Son sauveur à la suite d’un incident survenu huit ans auparavant, qu’il considère comme son « Maître », fait partie de la mafia italienne locale. Quand la fille du « Parrain » devient le témoin d’un des contrats de « Ghost Dog », celui‐ci semble alors bien gênant pour les mafieux qui décident de s’en débarrasser au plus vite…

Jef Costello, un tueur à gages, est chargé d'éliminer le patron d'une boîte de nuit. Un soir, il exécute froidement son contrat. Valérie, la pianiste de l'établissement, l'a vu commettre son crime. Jef met alors soigneusement au point un alibi, avec l'aide de sa maîtresse, Jane Lagrange. Mais la police a des soupçons à son égard et le surveille de très près. Son employeur, dont il ignore tout, y compris son identité, tente de le faire abattre lors de la remise de la prime, sur une passerelle. Être solitaire et glacé, enfermé dans son code de l'honneur, Jef Costello, blessé au bras, ne peut plus compter sur personne et comprend qu'il va lui falloir sauver sa peau et affronter tous ceux qui en veulent à sa vie…