Le chaos se produit dans une petite ville où une usine de produits chimiques explose, libérant une toxine mortelle. Quelques instants après la fuite, les habitants de la ville montrent des signes de mutation, obligeant l'armée à mettre la zone en quarantaine, s'efforçant de ne laisser aucun survivant "normal" piégé à l'intérieur de celle-ci. Tel n'est cependant pas le cas de Jim, un jeune homme solitaire ayant perdu sa femme, isolé au sein de la zone rouge, qui essaiera d'échapper aux zombies mangeurs de chair dans une tentative désespérée de reconquérir sa liberté et de trouver peut-être d'autres survivants...
Trois adolescents vivant dans le midwest américain répondent sur Internet à une annonce promettant des relations sexuelles. Ils sont loin de se douter qu'ils vont tomber entre les mains d'une secte d’extrémistes religieux aux intentions macabres.
Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?
Acteur de télévision, Andrew « Large » Largeman est obligé de retourner dans son New Jersey natal pour l'enterrement de sa mère. Soudain, il se retrouve sans les antidépresseurs et les 3 000 kilomètres qui le protégeaient de son histoire… Après 9 ans d'absence, Large revoit son père, un vieil homme dominateur, mais aussi tous ceux avec qui il a grandi. Ils sont aujourd'hui fossoyeur, employé de fast-food ou magouilleur professionnel… Sa rencontre avec la jolie Sam va le bouleverser encore un peu plus. Elle est son exacte contraire, vivante et audacieuse. Entre passé et futur, entre douleur et joie, Large va découvrir qu'il est peut-être temps de commencer à vivre…