Batman, Batgirl et Robin s’associent avec Les Tortues Ninja pour combattre l’ennemi juré des tortues, Shredder, qui a apparemment fait équipe avec Ra’s Al Ghul et la Ligue des Assassins.

Michelangelo, Donatello, Leonardo et Raphael sont de retour pour affronter des méchants toujours plus forts et impressionnants, aux côtés d’April O’Neil, Vern Fenwick et d’un nouveau venu, le justicier masqué hockeyeur Casey Jones. Après son évasion de prison, Shredder associe ses forces à celles d’un savant fou Baxter Stockman et de deux hommes de main aussi bêtes que costauds, Bebop & Rocksteady. Leur objectif : lancer un plan diabolique pour régner sur le monde entier ! Alors que les Ninja Turtles s’apprêtent à défier Shredder et son nouveau gang, ils doivent rapidement faire face à une menace tout aussi grande : le célèbre Krang !

Dans un New York où la bande du Déchiqueteur fait la loi, quatre justiciers protègent les citadins. La journaliste April O’Neil est témoin de leurs actions, mais personne ne la croit car ses propos frôlent le délire.

Dans un village du Kurdistan irakien, à la frontière de l'Iran et la Turquie, les habitants cherchent activement une antenne parabolique pour capter des nouvelles par satellite, car nous sommes à la veille de l'attaque des Américains en Irak... Un garçon mutilé, venant d'un autre village, accompagné de sa petite soeur et son enfant, en fait la prédiction... La guerre s'approche de plus en plus...

Après un contact avec une mystérieuse substance chimique, quatre tortues vivant dans les canalisations new-yorkaises se transforment en tortues géantes. Formés par un vieux rat sage, Leonardo, Michaelangelo, Donatello et Raphael, par ailleurs amateurs de pizzas, apprennent les techniques des guerriers ninjas afin d'affronter le terrible Shredder dont le but avoué est d'asservir le monde.

Nous retrouvons les fameuses tortues dans la province de Shingu dans le japon du XVIIe siècle ou, grâce a un sceptre magique, de nouvelles aventures à travers le temps les attendent.

Les quatre Tortues ninja parviennent à découvrir l'origine de la substance ayant provoqué leur mutation. Malheureusement, le terrible Shredder la découvre avant eux et l'utilise pour muter et décupler ses forces...