Quand une inconnue se présente à la Fédération et mentionne que son équipage est en danger, le capitaine Kirk se lance dans une mission de sauvetage à bord de l'Enterprise. Arrivé sur place avec son équipe, il constate qu'il s'agissait d'un guet-apens. Rapidement, tous les membres de l'équipage sont faits prisonniers par un mécréant du nom de Krall, qui envisage détruire la station spatiale Yorktown et éliminer tous ceux qui y vivent. Kirk, Spock, Bones et Scotty, aidés par une nouvelle alliée, Jaylah, s'évertueront de retrouver leurs confrères et d'empêcher que Krall mettre son plan diabolique à exécution.

Alors qu’il rentre à sa base, l’équipage de l’Enterprise doit faire face à des forces terroristes implacables au sein même de son organisation. L’ennemi a fait exploser la flotte et tout ce qu’elle représentait, plongeant notre monde dans le chaos… Dans un monde en guerre, le Capitaine Kirk, animé par la vengeance, se lance dans une véritable chasse à l’homme, pour neutraliser celui qui représente à lui seul une arme de destruction massive. Nos héros entrent dans un jeu d’échecs mortel. L’amour sera menacé, des amitiés seront brisées et des sacrifices devront être faits dans la seule famille qu’il reste à Kirk: son équipe.

La plus grande odyssée spatiale de tous les temps voit le jour dans le nouveau Star Trek, mettant en scène le premier voyage d'un tout nouvel équipage à bord de l'U.S.S. Enterprise, le vaisseau spatial le plus sophistiqué de l'histoire. Dans ce périple semé de dangers, d'action et d'humour, les nouvelles recrues doivent tout faire pour empêcher le plan diabolique d'un être maléfique menaçant l'humanité tout entière dans sa quête de vengeance. Le sort de la galaxie est entre les mains de deux officiers que tout oppose : d'un côté, James Kirk, originaire de la rurale IOWA, tête brulée en quête de sensations fortes, de l'autre, Spock, issu d'une société basée sur la logique et rejetant toute forme d'émotion. Quand l'instinct fougueux rencontre la raison pure, une improbable mais puissante alliance se forme et sera seule en mesure de faire traverser à l'équipage d'effroyables dangers, là où personne n'est encore jamais allé.

Les pacifiques Ba'ku, au nombre de six cents, vivent depuis plus de trois cents ans dans un village idyllique, le Carré de Bruyère. Ils ont renoncé au monde moderne et à la technologie en faveur d'un mode de vie agraire et équilibré. Mais, parce qu'ils ont découvert le secret de l’éternelle jeunesse, leur communauté est menacée par les rebelles Son'a qui décident de s'approprier leur territoire. Menés par Ru'afo qui a reçu l'aval de la Fédération, ils préparent ni plus ni moins l’élimination pure et simple de la population Ba'ku. Le capitaine Picard découvre leur projet.

24ème siècle. Alors que l'Enterprise patrouille au fond de la galaxie, le capitaine Picard et ses hommes reçoivent un SOS : les terribles Borg, mi-hommes mi-machines, sont en train d'attaquer la Terre afin de changer l'histoire de l'univers. Pour les contrer, une seule solution : les suivre et remonter trois siècles plus tôt, à l'heure du premier contact avec les Vulcains...

Jean-Luc Picard et son fidèle équipage font route vers la planète Romulus avec pour mission de rétablir les liens diplomatiques entre la Fédération et son ennemi juré, le peuple Romulan. Sur place, les passagers de l'Enterprise découvrent que le nouvel homme fort de Romulus, Praeter Shinzon, a éliminé une majeure partie du Sénat avec l'accord de son vice-roi. Deuxième surprise : Shinzon n'est pas un Romulan, mais un humain, jadis réduit à l'état d'esclave, puis cloné à l'image de... Picard. Confronté à cette situation inédite, le commandant du vaisseau spatial devra mobiliser toutes ses ressources pour déjouer les plans de son double et empêcher l'opération de destruction massive dont Shinzon menace la Terre...

Le docteur Soran est prêt à sacrifier 230 millions d'humanoïdes pour regagner le paradis dont il fut chassé avec son peuple. Mais c'est sans compter sur le légendaire James T. Kirk.

Alors que Mr. Spock, le capitaine Kirk et l'équipage de l'Enterprise escortent le chancelier Gordon jusqu'au centre de conférence où il doit signer un accord de paix avec l'empire des Klingons, leur vaisseau est attaqué et le chancelier abattu. Chang, général des Klingons, accuse Kirk qu'il envoie en compagnie du docteur McCoy sur l'astre de glace Rura Penthe. Mr. Spock ne dispose que de quelques jours pour sauver son ami et rétablir la paix menacée.

En 2287, le Capitaine Kirk et son équipage prennent sur Terre des vacances bien méritées... Mais lorsqu'ils apprennent que le Vulcain Sybok, demi-frère de Spock, vient de prendre en otage des diplomates venus cohabiter sur la planète Nimbus III, nos héros remontent à bord de l'Enterprise...

À l'issue de la mission sur Genesis, l'équipe de l'Enterprise fait route vers la Terre à bord d'un vaisseau Klingon, mais au même moment, une sonde d'origine inconnue se dirige vers la Terre.