Au Japon, au XIXe siècle, Zatoichi est un voyageur aveugle gagnant sa vie comme joueur professionnel et masseur. Mais derrière son humble apparence, il est un redoutable combattant, rapide comme l'éclair et dont les coups s'avèrent d'une stupéfiante précision. Alors qu'il traverse la montagne, il découvre une petite ville entièrement sous la coupe d'un gang. Son chef, Ginzo, se débarrasse de tous ceux qui osent se dresser sur son chemin, d'autant plus efficacement qu'il a engagé un redoutable samouraï ronin, Hattori. Dans un tripot, Zatoichi rencontre deux geishas, aussi dangereuses que belles. Okinu et sa sœur Osei vont de ville en ville à la recherche du meurtrier de leurs parents. Elles possèdent pour seul indice un nom mystérieux : Kuchinawa. Dès que les hommes de main de Ginzo croisent Zatoichi, l'affrontement est inévitable et sa légendaire canne-épée rentre en action.

Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?