Logan, dit le Wolverine, vit seul dans les montagnes du Yukon, rêvant chaque nuit à Jean Grey. Un jour, une Japonaise nommée Yukio le retrouve et l'invite à se rendre au chevet de son maître au Japon. Yashida, un vieillard à qui Logan a sauvé la vie à Nagasaki et qui est mourant. Sur place, Logan est trahi, puis perd mystérieusement ses pouvoirs. Il décide tout de même de protéger la petite-fille de Yashida, Mariko, qui est la cible d'une obscure conspiration visant à l'éliminer, alors qu'elle s'apprête à prendre la tête de la compagnie de son grand-père, la plus puissante au pays. Logan sera confronté à une figure mystérieuse de son passé, dans une bataille épique qui le changera à jamais.