Alors que se prépare un alignement unique des mondes, le meneur des Elfes noirs, Malekith, tente de mettre la main sur une puissante force appelée Aether, cachée depuis qu'il a été vaincu par Bor, le père d'Odin. À Londres, une irrégularité spatio-temporelle mène Jane Foster jusqu'à l'Aether, qui l'infecte. Alerté, Thor l'invite à Asgard afin de la soigner, mais la ville tombe suite à l'attaque de Malekith. Désobéissant à son père qui souhaite réunir les forces pour se défendre contre une nouvelle attaque, Thor décide d'évacuer Jane Foster. Il doit même demander à son frère Loki, emprisonné depuis sa trahison, de l'aider dans cette lutte qui se transportera bientôt sur Terre.