Caesar et les singes vivent maintenant dans une forêt près de San Francisco, dix ans après leur évasion. Ils y ont établi une société et même une école. Alors que la majorité des humains de la planète a été décimée par un virus, quelques survivants se sont installés dans San Francisco. Lorsqu'ils entrent en contact avec les singes afin d'accéder à un barrage hydroélectrique qui pourrait leur fournir du courant, la plupart des singes, dont Koba, sont craintifs. Leur leader bienveillant, Caesar, décide de faire confiance aux humains. Toutefois, une série d'incidents menace bientôt la paix précaire entre les deux groupes et lorsque Ceasar est trahi, la guerre s'enclenche.