Ethan Hunt tente depuis quelque temps déjà de prouver l'existence du Syndicat, une organisation criminelle puissante qui agit dans l'anonymat et s'efforce par des moyens extrêmes de détruire le système en place. Lorsqu'il obtient enfin une piste, il apprend que l'agence Mission : Impossible a été dissoute. Il devra donc agir sans l'appui et les équipements du gouvernement américain, qui le considère maintenant comme un fugitif. Ses anciens collègues le rejoignent en secret au Maroc afin de l'aider à poursuivre son enquête et empêcher le Syndicat d'arriver à ses fins et ainsi mettre la sécurité de tous les habitants de la Terre en danger.