L'agent 47 est un assassin génétiquement modifié afin de devenir la parfaite machine à tuer. Sa nouvelle mission est d'éliminer une organisation, appelée Le Syndicat, qui tente de retrouver le généticien à l'origine du programme qui l'a mis au monde. Cette dernière, qui envoie l'un de ses meilleurs tueurs aux trousses de 47, veut découvrir les secrets de la création de l'agent surhomme afin de créer une armée de super soldats. 47 s'alliera avec une jeune femme qui détient certains secrets bien gardés afin de retrouver le scientifique en question et de l'empêcher de révéler les origines du programme aux mauvaises personnes.