Après avoir triomphé de l’épreuve du labyrinthe, Thomas et ses coéquipiers se retrouvent avec d’autres adolescents dans une forteresse dirigée par Janson. Ce dernier, qui affirme vouloir leur bien, les soumet à divers tests et entraînements. Sous l’impulsion d’Aris, un garçon enrôlé lui aussi, Thomas et ses amis entreprennent de s’échapper avant d’être sélectionnés, puisqu’ils ont maintenant la preuve que Janson est à la solde de WCKD, une organisation mystérieuse et tentaculaire. Leur fuite semée d’embûches les mènera à Scorch, un territoire aride et désolé peuplé de créatures cauchemardesques, où ils s’allieront à des résistants.