Kong et ses protecteurs entament un périple périlleux pour retrouver son foyer. Parmi eux se trouve Jia, une jeune orpheline avec qui le primate a tissé un lien unique et solide. Mais leur route croise celle d’un Godzilla enragé qui sème la destruction aux quatre coins du monde. Le duel épique entre les deux titans – provoqué par des forces obscures – n’est que le début du mystère qui sommeille dans les entrailles de notre planète.