Hugo Snyder, expert en arts martiaux et trafiquant d'armes, kidnappe Samuel, Jeffrey et Michael, les trois fils de Samuel Douglas l'agent du FBI qui le poursuit, et les fait enfermer sur son navire. Mais Snyder ignore que les trois garçons ont été initiés par leur grand-père Mori Tanaka aux arts martiaux et à l'Art Ninja. Samuel, Jeffrey et Michael s'évadent de leur cellule et essaient de s'enfuir du bateau en affrontant un par un les ninjas de Snyder.