En 1968, une explosion nucléaire est conduite sur une île française du Pacifique pour des fins scientifiques. Les radiations nucléaires ont toutefois eu une conséquence inattendue, elles ont fait subir des mutations à un lézard qui a miraculeusement réussi à survivre. Resté dans l'ombre depuis 30 ans, où il n'a sans cesse continué de grossir, il décide finalement de faire surface dans la mer du Japon, où il attaque et détruit un bateau de pêche japonnais. Pendant ce temps, Niko Tatopoulos, un scientifique qui étudie les conséquences des explosions nucléaires sur les vers de terre, apprend, entre autre, qu'un monstre gigantesque a attaqué un petit village du Panama. À l'aide d'autres indices recueillis, Niko en vient à la conclusion que Godzilla se dirige tout droit vers New York!