Dans un monde où les mutants sont à la fois craints et détestés, le professeur Charles Xavier fonde une école dédiée à ces êtres humains au patrimoine génétique supérieur qu'il baptise les X-Men. Il leur enseigne à maîtriser leurs pouvoirs et à les mettre au service de la tolérance et en opposition à l'hystérie qui menace leur existence même. De son côté, Magnéto, un mutant radicaliste, regroupe de ses semblables pour soumettre, et ultimement exterminer, la race humaine.