Lorsqu'une cyberattaque permet à des mécréants de mettre la main sur l'identité de tous les agents britanniques sous couverture actuellement en fonction, les services secrets de Sa Majesté n'ont d'autres choix que de se tourner vers l'espion Johnny English pour régler cette affaire. Sans hésitation, Johnny sort de sa retraite pour reprendre du service. Il aura pour mission de découvrir qui est le génie derrière cette histoire de piratage qui paralyse son gouvernement. Comme Johnny English n'est pas particulièrement à l'aise avec la technologie moderne, arriver à ses fins sera plus ardu que ce qu'il avait d'abord envisagé.