L'histoire se déroule au début du printemps, en 1928, soit trois ans après les événements du premier film et quelques mois après ceux du second. Kodi est le fils de Balto, travaillant dans l'attelage de la poste, travail qu'il vient tout juste d'avoir et qu'il aime. Quant à Balto, il est intrigué par l'arrivée d'un avion à Nome. Balto avoue qu'il a toujours rêvé de voler. Néanmoins, l'arrivée de l'avion n'enchante pas les chiens de la poste et leurs soupçons sont confirmés lorsque le pilote, Duke, propose de distribuer le courrier, le traîneau étant quelquefois en retard à cause du climat. Pendant ce temps là, Boris tombe amoureux d'une oie prénommé Stella. Celle-ci lui propose de voler avec lui. Boris accepte mais il a le vertige et ne sait voler qu'à basse altitude. Malgré les efforts de Balto, Boris n'y arrive pas et commence à mentir à Stella sur une soi-disant blessure à une aile.