En récompense de leur aide, Lilo, Stitch, Jumba et Pleakley sont envoyés dans quatre coins de paradis de la galaxie. Le Dr Hamsterviel s'évade alors de prison et force Jumba à créer Leroy, le jumeau maléfique de Stitch, qui est ensuite cloné pour former une armée. Lilo rassemble Stitch et leurs amis pour faire face. Ils découvrent dans l'adversité que le lien qui les unit est plus fort que tout.