La bataille sur Terre est terminée mais la guerre pour l'univers est à peine commencée. Après être retourné sur Cybertron, Starscream prend les commandes des Décepticons et décide de retourner sur la Terre en force. Les Autobots, croyant que la paix est possible, découvrent que le corps de Mégatron a été volé à l'armée américaine par Skorpinox. Ce dernier fait revivre Mégatron avec sa propre énergie. Mégatron, Starscream et ses renforts de Décepticons tenteront de se venger des Autobots et de leurs nouveaux alliés.