L'histoire se déroule au début du printemps, en 1928, soit trois ans après les événements du premier film et quelques mois après ceux du second. Kodi est le fils de Balto, travaillant dans l'attelage de la poste, travail qu'il vient tout juste d'avoir et qu'il aime. Quant à Balto, il est intrigué par l'arrivée d'un avion à Nome. Balto avoue qu'il a toujours rêvé de voler. Néanmoins, l'arrivée de l'avion n'enchante pas les chiens de la poste et leurs soupçons sont confirmés lorsque le pilote, Duke, propose de distribuer le courrier, le traîneau étant quelquefois en retard à cause du climat. Pendant ce temps là, Boris tombe amoureux d'une oie prénommé Stella. Celle-ci lui propose de voler avec lui. Boris accepte mais il a le vertige et ne sait voler qu'à basse altitude. Malgré les efforts de Balto, Boris n'y arrive pas et commence à mentir à Stella sur une soi-disant blessure à une aile.

Quelques mois après l'épidémie de Diphtérie enrayée, Balto et Jenna sont les heureux parents de six petits chiots. Néanmoins, même si cinq des chiots ressemblent à leur mère, un des enfants à l'apparence du chien-loup. Six semaines après la naissance des chiots, ils sont donnés aux enfants du quartier à contre-cœur par les deux parents. Mais Aleu n'est accepté par personne du fait de son apparence de loup et reste avec ses parents. Un an après, un chasseur manque de tuer la fille de Balto et celui-ci est obligé de lui avouer le regard des gens sur elle. N'acceptant pas cet héritage, elle s'enfuit pour trouver sa place dans le monde et son père part à sa recherche, hanté par les cauchemars d'un corbeau et d'une meute de loup.