Les frères ninjas, Rocky, Mustang et Ram Dam, se rendent au parc d'attraction Mega Moutain où ils espèrent rencontrer leur idole : la superstar de la télévision Dave Dragon. Mais pendant que les trois garçons s'amusent, Lotahr Zong et ses hommes prennent tout le parc en otage. Ils demandent une rançon de 10 millions de dollars. En voyant leur star favorite capturée par des bandits, les 3 ninjas passent à l'attaque en unissant leurs formidables pouvoirs pour sauver leur héros et les autres otages...

Alors que Rocky, Colt et Tom Tom doivent disputer un match très important de baseball avec leur équipe, ils décident d'aller secourir leur grand-père au Japon. Ce dernier a été enlevé par des voyous qui s'intéressent de près à une dague qu'il avait gagnée à un tournoi d'Arts Martiaux il y a 50 ans.

Deux frères surfeurs découvrent qu'ils sont les deux princes perdus d'une île chinoise. Une partie de leur héritage consiste dans la maitrise des arts martiaux. Ils décident de s'en servir pour vaincre le dictateur ayant pris le contrôle de leur île.

Hugo Snyder, expert en arts martiaux et trafiquant d'armes, kidnappe Samuel, Jeffrey et Michael, les trois fils de Samuel Douglas l'agent du FBI qui le poursuit, et les fait enfermer sur son navire. Mais Snyder ignore que les trois garçons ont été initiés par leur grand-père Mori Tanaka aux arts martiaux et à l'Art Ninja. Samuel, Jeffrey et Michael s'évadent de leur cellule et essaient de s'enfuir du bateau en affrontant un par un les ninjas de Snyder.