Après avoir contrarié une mission top secrète, le Punisher est arrêté par la Veuve Noire au nom du S.H.I.E.L.D. et des Avengers. Obéissant aux ordres de leur directeur, Nick Fury, le Punisher et la Veuve Noire sont alors envoyés en mission pour stopper le Leviathan, une organisation terroriste qui vend au plus offrant de la technologie volée au S.H.I.E.L.D. Dorénavant, le justicier et l’espionne doivent collaborer pour empêcher que cette technologie ne tombe entre les mauvaises mains. Le sort du monde et des Avengers en dépend.
Ancien membre de la Delta Force, puis agent spécial au FBI, Frank Castle s'apprête à se retirer pour mener une existence paisible auprès de sa femme et de son jeune fils. Lors de son ultime mission, les choses tournent mal et le fils de Howard Saint, puissant businessman et magnat de la pègre, est tué. Ivre de vengeance, Saint organise le massacre de Frank et de toute sa famille. Mais ce dernier survit. Désormais, il n'a plus qu'un but : faire payer le coupable à hauteur de son crime. Il va mettre tous ses talents au service de sa mission la plus personnelle et la plus destructrice...
Frank Castle, alias le Punisher, a tué par erreur un agent double. Décidé à se racheter auprès d'Angela et Grace, respectivement veuve et fillette du défunt, le justicier, qui a jadis perdu sa famille aux mains de la pègre, déclare la guerre aux gangs criminels. Or, au cours d'une de ses attaques, Frank défigure horriblement le caïd Billy Russoti. Ce dernier, qui se fait désormais appeler Jigsaw, forme une véritable armée afin de se venger du Punisher, dont le point faible demeure Angela et Grace.
Après le massacre de sa famille par la mafia, l'ancien policier Frank Castle, laissé pour mort, devient le bras armé d'une vengeance expéditive et impitoyable. Traquant et éliminant sans pitié les criminels, il est le Punisher...