Profondément dans les jungles de l'Asie du Sud-Est, une organisation terroriste a volé du matériels pour créer une bombe chimique dangereuse. Il revient au Capitaine Max Randall et son équipe de Marines de les arrêter. Mais quand l'équipe de Randall tue le fils du leader terroriste, le groupe répond en enlevant la fille du Général Wallace. Randall doit la sauver et arrêter l'attaque terroriste.

Ethan Hunt tente depuis quelque temps déjà de prouver l'existence du Syndicat, une organisation criminelle puissante qui agit dans l'anonymat et s'efforce par des moyens extrêmes de détruire le système en place. Lorsqu'il obtient enfin une piste, il apprend que l'agence Mission : Impossible a été dissoute. Il devra donc agir sans l'appui et les équipements du gouvernement américain, qui le considère maintenant comme un fugitif. Ses anciens collègues le rejoignent en secret au Maroc afin de l'aider à poursuivre son enquête et empêcher le Syndicat d'arriver à ses fins et ainsi mettre la sécurité de tous les habitants de la Terre en danger.

Désemparée, Mara se rend sur lieu de pêche dans le sud de l'Oregon pour répandre les cendres de son père récemment décédé. Lorsque sa voiture disparaît mystérieusement, elle décide de faire confiance à un étranger sympathique qu'elle a rencontré quelques minutes auparavant. Elle l'accompagne chez lui pour appeler à l'aide. Mais il n'habite pas seul : sa femme aussi dérangée que lui vit sous le même toit...