Cette nouvelle aventure démarre lorsqu'une cyber-attaque révèle l'identité de tous les agents britanniques sous couverture. Johnny English devient alors le dernier espoir des services secrets. Rappelé de sa retraite, il plonge tête la première dans sa mission : découvrir qui est le génie du piratage qui se cache derrière ces attaques. Avec ses méthodes obsolètes Johnny English doit relever les défis de la technologie moderne pour assurer la réussite de sa mission.