Macao, 1640. Sans nouvelles du père Ferreira, un jésuite portugais qui dirigeait une mission au Japon, les prêtres Rodrigues et Garupe convainquent leur supérieur de les laisser partir à sa recherche. Lorsque, dans l’espoir de perpétuer l’œuvre de Ferreira et peut-être même de le retrouver vivant, Rodrigues et Garupe se séparent pour prendre des chemins différents, ils ne se doutent pas des choix déchirants qui les attendent.